Em 1755, o sargento-mor Gregório Pereira Pinto, ou Gregório Pinto da Fonseca, um dos primeiros colonos da região, mandou construir em sua fazenda, posteriormente chamada “Bernarda”, uma capela em homenagem à Madre de Deus. O entorno do templo religioso não tardou a ser habitado. Em 1768, o pequeno povoado era elevado à categoria de Freguesia, sob a denominação de Nossa Senhora da Conceição do Rio d’Ouro. Mais tarde, a sede da Freguesia foi transferida de local, passando a ser conhecida por Nossa Senhora da Conceição do Rio Bonito. Arruinado o templo, outro foi construído a cerca de uma légua do primeiro, mantido sob a proteção da mesma padroeira.
Após certo período de participação no ciclo de cana-de-açúcar, a economia local foi envolvida pela expansão do café, que passou a ocupar as melhores terras da região, tornando-se em pouco tempo uma de suas maiores fontes de riqueza. O progresso apresentado pela freguesia induziu o governo, em 1846, a criar o município de Nossa Senhora da Conceição do Rio Bonito.
A Vila de Nossa Senhora da Conceição de Rio Bonito, como era conhecido o município, fascinava a nobreza, hospedando marqueses, viscondes, condes e barões. O imperador D. Pedro II, encantado com a região, presenteou a cidade com um chafariz localizado na praça principal.
A autonomia administrativa e a escolha de Rio Bonito como terminal de um ramal da Companhia de Ferro-Carril Niteroiense fizeram da localidade o verdadeiro entreposto da produção e do comércio da região. O desenvolvimento da vila motivou sua elevação à categoria de cidade em 1890.
Após a abolição da escravatura a cidade sofreu um baque e muitas fazendas de café e engenhos foram praticamente abandonados. Além disso, perdeu a condição de estação terminal da linha de trem. Rio Bonito tentou outros caminhos para sair da crise. A produção de lenha e de carvão vegetal, de bananas nas encostas de morros e de alguma aguardente e de produtos alimentícios manteve Rio Bonito como uma população rural expressiva, evitando o êxodo e o abandono do campo, ao contrário do que ocorreu com a maioria das cidades do interior neste século.
A partir da década de cinquenta, o novo ciclo da laranja na região contribuiu para o desenvolvimento da economia municipal. Além disso,o desenvolvimento da pecuária e da indústria de alimentos e doces, fez com que grandes indústrias se instalassem em seu território. Devido à topografia acidentada, foram ocupadas, inicialmente, as áreas planas existentes entre a BR-101 e a Serra do Sambê. As áreas urbanizadas e com maior adensamento estendem-se, principalmente, ao longo e nas adjacências do Rio Bonito e na Estrada de Ferro Leopoldina, com ocupação de encostas na região noroeste da cidade.